Mokyklos vėliava susideda iš audeklo ir koto su antgaliu.
Vėliavos audeklas – tai kvadrato formos ir dviejų žalumos atspalvių medžiaga, iš trijų pusių užbaigta kabančiais auksinės spalvos kutais. Vėliavos audeklų spalvos simbolizuoja Lietuvos miškų žalumą, gamtos vešlumą bei viltį ir atgimimą.
Pagrindinė audeklo pusė – aversas – yra smaragdinės spalvos. Centre pavaizduotas geltonas, skydo formos mokyklos herbas. Jo viduryje yra atvira knyga, simbolizuojanti mūsų mokyklos globėjo darbo vaisius. Knygoje yra du skirtukai, vaizduojantys valstybinių Lenkijos ir Lietuvos vėliavų spalvas, kadangi Česlovas Milošas buvo kūrėju apjungiančiu dvi tautas. Žemiau yra plunksna – rašytojo įrankis. Lauro lapelių šakelė yra pergalės simbolis, reiškiantis Nobelio premiją, kuria buvo apdovanotas Česlovas Milošas. Viršutinėje ir apatinėje herbo dalyje yra mokyklos pavadinimas lenkų kalba: Szkoła Podstawowa im. Czesława Miłosza w Pakienie. Virš herbo užrašyti 2013 metai, kai mokyklai suteiktas Česlovo Milošo vardas.
Kita audeklo pusė – reversas – yra žalios spalvos. Centre vaizduojamas Česlovo Milošo atvaizdas medaliono formos. Virš medaliono puslankiu išsiuvinėta citata iš Č. Milošo kūrinio „Moralinis traktatas” – „Ką spėsi padaryti, tai ir liks…“, kuri yra mokyklos šūkiu. Medaliono apačioje išsiuvinėti poeto gyvenimo metai, dar žemiau – Nobelio premijos laureato parašas.
Vėliavos kotas yra užbaigtas metaliniu antgaliu su ereliu pakeltais sparnais ir karūna. Ant koto yra dvi metalinės žymos su vėliavos dovanotojų pavadinimais – Varšuvos Legijos sirgaliai ir Haft ART Czarneccy – meninio siuvinėjimo studija „Sztandary“ Murowanoje Goslinoje (Lenkija), vadovaujama Malgožatos Čarneckos, kurioje ir buvo pagaminta vėliava.
Vėliava mokyklos bendruomenei yra Mažosios gimtinės, kuria yra mokykla, simboliu. Tai ženklas jungiantis tuos, kurie palieka mokyklą, esamus ir būsimus mokinius. Suvokiant vėliavos prasmę, reikia ją gerbti ir jai tarnauti.