Sztandar Szkoły składa się z płata oraz drzewca z głowicą.
Płatem sztandaru jest tkanina w kształcie kwadratu w dwóch odcieniach zieleni, wykończona z trzech stron frędzlami w kolorze złotym. Barwy na obydwu płatach sztandaru symbolizują zieleń lasów litewskich, bujność przyrody, a także nadzieję i odrodzenie.
Strona główna płata – awers – jest w kolorze szmaragdowym. W centrum widzimy logo szkoły, które ma kształt tarczy o żółtym kolorze. Po środku znajduje się otwarta księga, symbolizująca owoc pracy patrona naszej szkoły. Na niej widnieją dwie zakładki przedstawiające barwy narodowe Litwy i Polski, które sugerują to, iż Cz. Miłosz był twórcą zespalającym dwa narody. Poniżej leży pióro – narzędzie pisarza. Gałązka laurowa jest symbolem zwycięstwa i nawiązuje do Nagrody Nobla, jaką został uhonorowany Czesław Miłosz. W górnej i dolnej części znajduje się napis zawierający nazwę szkoły: Szkoła Podstawowa im. Czesława Miłosza w Pakienie. Nad logo widnieje rok 2013, w którym szkole zostało nadane imię Czesława Miłosza.
Strona odwrotna płata – rewers – jest w kolorze zielonym. Centralnym motywem jest wizerunek Czesława Miłosza w kształcie medalionu. W otoku czarną nicią wyhaftowano cytat z jego utworu „Traktat moralny” – „Co zdążysz zrobić, to zostanie…”, który jest mottem szkoły. Pod medalionem umieszczono lata życia poety, zaś poniżej podpis noblisty.
Drzewce sztandaru zakończone jest metalową głowicą w formie orła w koronie. Umieszczone są na nim dwie oznaki fundatorów sztandaru – Kibiców Legii Warszawa oraz firmy Haft ART Czarneccy – pracowni haftu artystycznego „Sztandary” pod kierownictwem Małgorzaty Czarneckiej w Murowanej Goślinie, w której został wykonany.
Sztandar dla społeczności szkolnej jest symbolem Małej Ojczyzny jaką jest szkoła. Jest znakiem łączącym tych, którzy opuszczają jej progi, obecnych i przyszłych uczniów. Pamiętając o jego wymowie należy pokazywać mu cześć i godnie mu służyć.